Un 8 de septiembre de 1924, surge el interés por parte de los Padres Vicentinos de contribuir en el reforzamiento de los valores cristianos católicos, misión que empieza con el Padre Peter J. Burns, primer superior de la Academia Santa María.
En aquellos tiempos las Madres Franciscanas recibían en sus aulas solo niñas. Su convento, una pequeña casa de madera en la esquina de calle 5 y Meléndez, por años cobijó los primeros grados con las materias de música y costura.
En consecuencia, la Madre Franciscana Caridad Bráder por su vocación de formadora, acepta el reto enviando a diez religiosas oriundas de Suiza, Alemania, Estados Unidos y Panamá, las cuales fundan la "comunidad" que con planes y programas de enseñanza específicos, se enraízan en nuestra provincia y se prestigian con el sugestivo nombre de "Academia Santa María", comunidad que fue dirigida por la Madre Gerarda para iniciar la obra que tenía el Reverendo Padre Peter J. Burns desde años atrás.
La Academia Santa María inició sus actividades en el salón parroquial, en la planta baja de la iglesia Medalla Milagrosa, situada actualmente en la Calle 4 y Avenida Meléndez, en donde se impartía enseñanza a ocho grados primarios.
En 1928 agregan el noveno grado para complacer la solicitud de personas interesadas por las exigencias y superaciones del medio que les rodeaba, reformando el plan anterior con la creación de un curso de comercio. La primera Graduación tuvo lugar en 1930.
En 1960 se adquiere una casa de madera detrás del convento de las Hermanas Franciscanas. El Dr. Eno y su esposa ceden otras dos adyacentes al antiguo Hospital Colón, con lo cual se amplía nuevamente el Plantel.
El segundo ciclo, correspondiente a la sección comercial, permaneció en el edificio anteriormente construido. Luego, bajo la dirección de la Hermana Franciscana Cristela Batista y propulsado por el profesor Francisco Valdés, en 1985 se adopta el Bachiller en Ciencias y Letras.
que brindaba el Ministerio de Educación; dando apertura a que tanto niñas como varones se beneficiaran de este plan de estudio. Posteriormente, entre los años 1992 y 1993, bajo la dirección de la Hermana Franciscana Yira Sagel, se amplía nuevamente el plantel, debido a la construcción del gimnasio y de un nuevo edificio para la sección de primaria. En aquellos momentos, igualmente había un edificio de madera en el espacio ocupado por el actual séptimo grado A, donde dictaba clases la maestra Judith de Campos.
Después de 73 años de infatigable bregar y destacado trabajo, las entusiastas Madres Franciscanas dejan sus huellas de imborrable labor sociológica, educativa y, sobre todo, cristiana en los niños y jóvenes de la ciudad de Colón con su significativa y extraordinaria trayectoria.
Acorde a lo anterior, en 1998, por primera vez la dirección de la Academia Santa María pasa a manos de los laicos; puesto que, empezó a ser administrada por la Diócesis de Colón – Kuna Yala.
En efecto, el ahora colegio diocesano, empezó a ser presidido por el Monseñor Carlos María Aris; administrado por el Reverendo Padre Anibal Gómez y dirigido por la profesora Cecilia de Hurtado, considerada la primera directora laica de la Academia Santa María.
Asimismo, bajo esa nueva administración, el Plantel se amplía por última vez al construirse un nuevo edificio, en el cual se ubicarían a los quintos y sextos años del Bachiller en Ciencias y Letras y el salón de profesores.
En la actualidad, este prestigioso Plantel está presidido por el Monseñor Manuel Ochogavía Barahona, administrado por el Reverendo Padre Julio César Lau Prado y dirigido por el profesor Carlos Norse.
En fin, la Academia Santa María, como institución educativa, siempre se ha distinguido por brindar a la sociedad colonense una educación de calidad y en valores con la misma mística que desde sus inicios prevalece; razón por la cual hoy, con mucha complacencia, podemos decir: ¡Salve, Academia Santa María! Templo de gloria y verdad.